1.過量的糖
根據世界衛生組織（WHO）的建議，國人每日平均糖類的攝取量限制為 45 克（這個標準今年被預告下修 50%。），而 1 杯 500c.c. 的多多綠茶就有大約 112 克，是容許量的 2.5 倍；由於手搖飲料通常沒有標示含糖量，尺寸也不小，很容易就會讓人吃進過量的糖。
如果你認為點「半糖」就比較安全，董氏基金會在去年也針對全台 10 家連鎖手搖飲料業者進行調查，結果發現，有 6 成的半糖茶飲含糖量高達 7 至 8 分，甚至有 1 成的含糖量與全糖相當。著有暢銷書《Digestive Health with REAL Food》的營養師 Aglaee Jacob 指出，過量的糖會導致體重增加、糖尿病、免疫系統受損，以及提高心臟病、近視甚至癌症的風險。
另外，依照《康健》雜誌的報導，含糖飲料大多是使用人工高果糖糖漿（High-fructose corn syrup），由於其代謝路徑不同於其他糖類，是直接由肝臟儲存成脂肪，處理的程序就像酒精，所以還會導致三酸甘油酯的升高（與膽固醇含量過高均稱為高脂血症），以及提升非酒精性脂肪肝的發生率。
高雄長庚泌尿科的主治醫師李偉嘉也發現，老鼠在被餵食 60% 的高果糖飼料 3 到 6 個月，會出現程度不等的膀胱失能，研究已經發表在 2008 年的《美國泌尿科醫學期刊》。加拿大 Guelph 大學的成癮症專家 Francesco Leri 則是指出，老鼠會勤奮地去取得含有高果糖糖漿的食物，就像是個毒癮患者。
要特別注意的是，雖然市面上有部分手搖飲料強調使用天然蔗糖（實際上蔗糖也是精製糖），但台灣營養基金會的執行長吳映蓉提醒，胃裡的消化酵素會將蔗糖立刻分解成葡萄糖與果糖，攝取過量一樣能導致肥胖或脂肪肝。
2.不需要的熱量
在 2012 年，全台有 8 家連鎖飲料業者響應產品熱量標示，其中清心福全企業集團的協理陳柏希表示，南台灣點一杯飲料平均約 550 大卡，相當於一杯 720c.c. 的全糖珍珠奶茶，熱量接近於一個便當。根據新版每日飲食指南的建議，成年女性單日攝取的熱量是 1500 到 1800 大卡。
台中慈濟醫院腎臟內科的馬弘桓醫師也指出，由於飲料常使用的高果糖糖漿不會降低大腦食中樞血流，也就是不會產生飽足感，更容易讓人攝取過多熱量。
3.不是茶的茶
英國 Oxford 大學的化學博士陳耀寬提到，有些飲料廠商會使用茶精（香精）讓味道與口感保持甘順，避免產生茶葉久泡會有的苦味「茶鹼」，但是，作為不含茶葉的人工合成物，茶精對於代謝系統、肝、腎都會造成一定損害。
台安醫院的營養師劉怡里說明，如果空杯上殘留著很濃的茶味，就有可能是添加茶精；因為以一罐 1000c.c.，成本 800 元的茶精而言，就足以泡出 100 萬 c.c. 的茶。4.細菌污染
台北醫學大學公共衛生暨營養學院保健營養學系教授謝明哲表示，當飲料中添加越多東西，像是冰塊或者珍珠，其受到污染的機率也越高。
北醫在 2009 年針對市售手搖杯的檢驗報告便指出，有高達 9 成的手搖杯飲料生菌數超標（如果飲料中含有奶珍珠或椰果，則是全數不合格）、7 成驗出大腸桿菌群、4 成內含防腐劑，甚至有台北縣知名的珍珠奶茶業者，其生菌數超過法定標準的 2100 倍，一杯就有腹瀉和腸胃炎的疑慮。
而在去年，桃園衛生局也曾針對當地 75 件手搖杯與早餐店進行大腸桿菌抽驗，最後，知名的清玉及舞茶道手搖飲料包含在不及格的 13 件當中。